化学信息编程语言

化学信息学涵盖小分子及其相关数据的表征、管理和分析。这意味着这些活动是在计算机上执行的。但是如何在电脑上表示一个分子呢?那么如何在这样的表示上执行计算呢?

编程语言是在计算机上处理分子结构的基础。表示化学结构的数据结构(如连接表或图)和操作它们的算法是用一种编程语言实现的。重要的是,有许多编程语言,每一种语言都可以用于实现化学信息学算法,并具有不同程度的易用性。既然有这么多的语言,一个人如何去选择一门语言的化学信息学项目?金宝搏体育

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为了回答这个问题,杂志化学信息学的创造了一个专题系列以突出的化学信息学在社区内使用的不同的编程语言。该系列包括邀请文章说的语言帮助开发这种解决方案看看如何给定的语言已经被用来解决化学信息学的问题和功能如何。

虽然大部分化学信息学从业者可能不知道现代的编程语言(PL)的研究,这种努力已经创建了由于是编程语言的一部分被用于化学信息学项目中常用的语言特性。例如,功能的编程被吹捧用于使从业者编写代码简洁,具有较少的错误。虽然这是在某些情况下真实的,目前尚不清楚这是否实现了更好的化学信息学软件。

这导致选择的化学信息学项目语言的原始问题。该系列并不打算建议对另一任意给定的语言。相反,作者已经提出了他们觉得语言让他们做。基于该系列目前的条款,用于实现化学信息学语言的一个共同特点是支持图书馆和社区的存在。它没有一点好处编写软件中,只有开发者可以支持的语言。其结果是,虽然小众语言可以提供独特的功能,缺乏社会支持(以及相关工具)可以是一个阻碍其更广泛的使用。

该系列并不打算建议对另一任意给定的语言。相反,作者已经提出了他们觉得语言让他们做。

由此看来,基础设施围绕着语言继可以极大地帮助发展。例如,Jupyter笔记本取得了文学编程显著更容易,对于多个语言如Python,R和甚至C ++。同样的,RStudio如对于R发展的环境可以改变显著那些数据分析流程。随着网络应用的兴起,以支持化学信息的数据结构和算法在Web应用程序的能力已经变得非常重要。尽管人们可以使用传统的语言,如C ++编写的Web应用程序,现代的Web项目往往使用JavaScript及其变种。其结果是,化学信息学工具包JavaScript实现纷纷亮相,从化学结构的描述启用功能来描述计算。

总之,这个主题系列的出版,希望为读者会接触到各种编程语言,并能够识别这些语言可能是他们的下一个项目有用的功能。

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